Colecta y procesamiento de muestras de tejido y biopsia líquida obtenidas de pacientes con cáncer de mama

Abstract

El cáncer de mama es una de las principales causas de morbimortalidad en mujeres a nivel mundial y en México. La incorporación de herramientas moleculares, como el análisis de DNA, RNA y DNA libre circulante (cfDNA), permite complementar los métodos diagnósticos convencionales y avanzar hacia la medicina personalizada. El objetivo de las actividades realizadas fue seleccionar y procesar muestras biológicas de pacientes (mujeres) con cáncer de mama para obtener ácidos nucleicos de alta calidad útiles para estudios genómicos. Se seleccionaron muestras de tejido tumoral, buffy coat y plasma del Biobanco del Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN). Se incluyó a pacientes con diagnóstico confirmado y controles sanos. Se realizaron extracciones de DNA y RNA mediante métodos por columnas y extracción orgánica. La concentración y pureza de las extracciones se evaluaron por espectrofotometría (NanoDrop) y la integridad por electroforesis en gel de agarosa. El RNA se retrotranscribió a cDNA y se analizó mediante RT-qPCR con sondas TaqMan para genes clínicamente relevantes (ESR1, PGR, MKI67 y ERBB2). El cfDNA se aisló de plasma mediante un sistema automatizado y se evaluó por electroforesis capilar. El análisis estadístico incluyó medidas descriptivas y la prueba U de Mann-Whitney (p ≤ 0.05). Se analizaron muestras de 11 pacientes mujeres, todas mayores de 40 años en estadio clínico II; predominó el subtipo luminal A (63.6%) sobre luminal B (36.4%). Las muestras tumorales mostraron mayor pureza (A260/A280: DNA 81.8%, RNA 72.7%) en comparación con buffy coat (54.5%), aunque la pureza A260/A230 fue subóptima en la mayoría de las muestras. La integridad fue superior en tejido tumoral (DNA 72.7% íntegro) frente a buffy coat, donde el RNA presentó alta degradación (90.9%). No hubo diferencias significativas en la concentración de DNA entre tejidos, pero el RNA tumoral mostró mayor rendimiento y diferencia significativa (p = 0.01). El análisis de expresión génica evidenció mayor expresión de ESR1, PGR y ERBB2 en luminal A, con diferencia significativa para ESR1 (p = 0.04). En el análisis de cfDNA (n = 54), las pacientes con cáncer presentaron concentraciones significativamente mayores que los controles. Las metodologías empleadas permitieron obtener ácidos nucleicos de calidad adecuada para estudios genómicos. El tejido tumoral demostró ser la mejor fuente para análisis de expresión génica, mientras que el cfDNA se posiciona como un biomarcador no invasivo prometedor. Estos resultados contribuyen al fortalecimiento del biobanco institucional y al desarrollo de investigaciones en genómica del cáncer orientadas a la medicina de precisión.