Procesamiento de muestra de biopsia líquida y de tumor obtenidas de pacientes con cáncer de mama

Abstract

Introducción: El cáncer de mama (CM) es el tumor maligno más frecuente y una de las principales causas de muerte en mujeres, asociada principalmente a etapas avanzadas. Existen diferentes métodos para el diagnóstico oportuno del CM, como la mastografía y otros que involucran el análisis de ácidos nucleicos. Además, se han desarrollado estrategias moleculares complementarias, como la biopsia líquida, un método mínimamente invasivo basado en el análisis de DNA libre circulante (cfDNA) para la detección de alteraciones moleculares. Sin embargo, el aislamiento de los ácidos nucleicos a partir de muestras de pacientes resulta complicado debido a diversos factores técnicos y biológicos. Objetivo: Colectar y procesar muestras de biopsia líquida y de tumor obtenidas de pacientes con CM. Métodos: Se aisló el DNA/RNA a partir del tejido tumoral y buffy coat. La calidad e integridad de DNA/RNA extraídos y evaluados mediante espectrofotometría y electroforesis en gel de agarosa, respectivamente. El cfDNA fue aislado de muestras de plasma mediante extracción automatizada y la verificación de la extracción fue determinada por electroforesis capilar, mientras que, la técnica de RT-qPCR fue realizada para evaluar la expresión de genes en muestras de CM con baja calidad. Resultados: La concentración de DNA fue similar entre buffy coat y tumor, mientras que el RNA total fue significativamente mayor y más variable en el tejido tumoral (p=0.01). En las muestras de cfDNA de pacientes con CM presentaron concentraciones significativamente mayores en comparación con los controles (p=0.04). El análisis de integridad evidenció que los métodos de extracción por columna preservaron mejor la calidad del DNA y del RNA en comparación con la extracción orgánica. Los ensayos de RT-qPCR demostraron que la expresión de genes asociados a CM pudo ser evaluada de manera confiable pese a las diferencias en la calidad del RNA. Conclusión: La concentración de RNA en tejido tumoral y de cfDNA fue mayor en pacientes respecto a controles. La extracción por columnas mostró mejor integridad del DNA y RNA, y el análisis de expresión génica por RT-qPCR con sondas TaqMan fue robusto y confiable, aun con variaciones en la calidad del RNA.