Optimización del método RT-PCR en tiempo real para la detección de Rotavirus

Abstract

Dentro de las distintas enfermedades que existen entre la población infantil, el Rotavirus (RV) es asociados con la producción de manifestaciones diarreicas, provocando en el mundo aproximadamente ∼215,000 de muertes en niños menores de cinco años (Parashar, et al., 2018; WHO, 2013; Steger et al., 2019). Dentro de los diferentes grupos de RV, el Rotavirus de grupo A (RVA), es de relevancia en términos epidemiológicos por su impacto en la salud pública en humanos, ya que es la causa más común de infecciones diarreicas y es uno de los más importantes patógenos que causa Enfermedades Diarreicas Agudas (EDA) en los niños (Luchs & Tavares, 2016; CDC, 2017; Steger, et al., 2019). Para la identificación de los RVA en México, se utilizan técnicas moleculares como la electroforesis en gel de poliacrilamida (PAGE) y la reacción en cadena de la polimerasa-transcriptasa reversa (RT-PCR) (De la Cruz Hernández et al., 2017; Reynoso Utrera, et al., 2019). La RT-PCR en tiempo real (RT-qPCR) es un método altamente sensible, ya que se ha encontrado que es capaz de detectar un alto porcentaje de muestras positivas a RV a partir de muestras negativas, las cuales habían sido analizadas previamente por PAGE y RT-PCR (De la Cruz Hernández, et al., 2017; Tamay de Dios, et al., 2013). Se han desarrollado varios ensayos de RT-qPCR para la detección de RVA dirigido a VP2, VP4, VP6, VP7, NSP3 Y NSP4 (Mijatovic Rustempasic, et al., 2013; Liu, et al., 2015). Pero debido a la diversidad genética de los segmentos genéticos VP4 y VP6, se ha demostrado que el gen NSP3, codificado por el segmento genómico 7, es el mejor objetivo para la detección de una amplia variedad de genotipos RVA (Mijatovic Rustempasic, et al., 2013). El objetivo de este trabajo fue optimizar el método de detección de RVA por medio de la técnica RT-qPCR, ya que es necesario la implementación de un método que detecte oportunamente a RVA y para asegurar la confiabilidad de los resultados obtenidos, utilizando iniciadores específicos para el segmento del gen NSP3 debido a que es una región altamente conservada, en muestras de heces de niños menores de 5 años que ingresaron al laboratorio a través del servicio de Núcleo Trazador de Vigilancia Epidemiológica de Enfermedades Diarreicas Agudas (NUTraVE-EDA) en el Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos “Dr. Manuel Martínez Báez” en el Laboratorio de Virus Gastrointestinales (LVGI).