Análisis de la frecuencia de variantes génicas en el gen SOD1 en pacientes mexicanos con esclerosis lateral amiotrófica.

Abstract

The present work focuses on identifying gene variants in ALS patients through molecular techniques using the SOD1 gene. Samples from patients with probable ALS were provided by the Department of Genetics; clinically evaluated by specialized neurologists from the Neurology, Nerve and Muscle consultation of the National Institute of Neurology and Neurosurgery Manuel Velasco Suarez. The sample consisted of 155 patients, who met the clinical criteria and agreed to participate in the study with prior informed consent. A peripheral blood sample was taken, to subsequently obtain genomic DNA using the salt technique, which was performed through two steps: red blood cell lysis and protein removal by organic solvent extraction and genomic DNA precipitation. Subsequently, an agarose gel electrophoresis was performed to confirm the integrity of the extraction, and where the DNAs suitable for analysis were classified. Once selected, the 5 exons of the SOD1 gene were amplified by PCR (Polymerase Chain Reaction), a technique that amplifies the region from a DNA copy, thus obtaining millions of copies, which allowed its detection. Once this part was concluded, the amplified products were purified and an agarose gel was made again to confirm the presence and quality of the amplification. The fragments were then analyzed by capillary electrophoresis using the ABI 3130 22 sequencer (Applied Biosystem) and in this way the sequence of each exon analyzed could be elucidated. The data obtained by the detector were recorded in electropherograms that were analyzed using the Sequencher software and the analysis of gene variants was performed using bioinformatic databases.

El presente trabajo se enfoca en identificar las variantes génicas en pacientes con ELA mediante técnicas moleculares empleando el gen SOD1. Las muestras de pacientes con probable ELA fueron proporcionadas por el Departamento de Genética; evaluadas clínicamente por neurólogos especializados de la consulta de Neurología, Nervio y Músculo del Instituto Nacional de Neurología y Neurocirugía “Manuel Velasco Suarez. La muestra consistió en 155 pacientes, que cumplieron con criterios clínicos y aceptaron participar en el estudio con previo consentimiento informado. Se les tomó una muestra de sangre periferica, para posterior obtener el DNA genomico mediante la técnica de sales, la cual se realizó mediante dos pasos: lisis de glóbulos rojos y la eliminación de proteínas mediante extracción por disolventes orgánicos y precipitación de DNA genómico. Posterior se hizo una electroforesis en gel de agarosa para confirmar la integridad de la extracción, y donde se clasificó los DNA aptos para ser analizados. Una vez ya seleccionados se procedío a la amplificación de los 5 exones del gen SOD1 mediante PCR (Polimerase Chain Reaction), técnica que a partir de una copia de DNA, amplifica la región y de esta manera se obtiene millones de copias, lo que permitío su detección. Conluida esta parte, se purificó los productos amplificados y se volvío a hacer un gel de agarosa para confirma presencia y calidad de la amplificación. Después los fragmentos fueron analizados por electroforesis capilar empleando el secuenciador ABI 3130 22 (Applied Biosystem) y de esta manera se pudo dilucidar la secuencia de cada exón analizado. Los datos obtenidos por el detector se registraron en electroferogramas que fueron analizados empleando el software Sequencher y se realizó el análisis de variantes génicas empleando bases de datos bioinformáticos.