Variantes Genéticas en el Gen LPL Asociadas a Dislipidemias en la Población Mexicana

Abstract

In Mexico, there has been an increase in mortality rate caused by cardiovascular diseases and one of their main risk factors: dyslipidemias (DP). This condition occurs in 36% of Mexican adults, despite this, the genomic information about it is scarce in our population. Pathogenic variants (VP) in LPL gen have been reported in 90% of patients with DP. In Mexico, there are two case reports about it: a family case with severe hypertrygliceridemia that carried the variant c.644G>A and a boy who carried the variant c. 94_98del5. The aim of this work was to identify all the Single Nucleotide Variants (SNVs) in LPL gene in Mexican population. To do this, a search was carried out for all the SNVs in the exome of 2,217 unrelated Mexican individuals without a family history of Mendelian diseases that the Laboratory of Inmunogenomics and Metabolic Diseases (LIEM) has. We reported the allele frequencies of VP and used Fisher test to compare them with those present in populations that contributed to Mexican miscegenation reported in public bases (gnomAD). 5 of the 116 SNVs present in our population were pathogenic. Interestingly, we found 13 novel variants in LPL gene. The same way, we identified the VP c.818G>A, c.829G>A y c.929G>A, as well as two likely pathogenic variants (c.423G>A y c.925G>T). In conclusion, is important to ellucidate the genomic knowledge of Dlip in different populations since this study showed the presence of novel variants in mexican population.

En México, se ha reportado un aumento de mortalidad ocasionada por enfermedades cardiovasculares y uno de sus principales factores de riesgo son las dislipidemias (Dlip). Las Dlip se presentan en el 36.7% de los adultos mexicanos y a pesar de su importancia, la información sobre su aspecto genético es casi inexistente en nuestra población. Variantes patogénicas (VP) en gen LPL se ha reportado en el 90% de los pacientes con LPL. Únicamente se ha documentado un caso familiar de hipertrigliceridemia severa con la variante de c.644G>A y de un niño con la variante c. 94_98del5. El objetivo de este trabajo fue identificar todas las variantes de un solo nucleótido (SNV) que se encuentran en el gen LPL en población mexicana. Para ello, se realizó la búsqueda de todas de las SNV en el exoma de 2,217 individuos mexicanos no relacionados sin historia familiar de enfermedades mendelianas heredofamiliares con los que cuenta el Laboratorio de Inmunogenómica y Enfermedades Metabólicas (LIEM). Se obtuvieron las frecuencias alélicas de las VP y se compararon con las descritas en bases públicas (gnomAD) de otras poblaciones que contribuyeron al mestizaje en los mexicanos a través de la prueba exacta de Fisher. Se realizó una predicción in silico para determinar su impacto. Se identificaron 116 SNVs de las cuales cinco fueron VP patogénicas. Interesantemente, encontramos 13 SNVs nuevas en el gen LPL. La prevalencia de la variante c.590G>A fue mayor en nuestra población (0.1128%) en comparación con mestizos americanos (0.03951%), europeos no finlandeses (0.001549%) y los africanos (0.004005%). De igual manera, se encontraron las VP c.818G>A, c.829G>A y c.929G>A, así como dos variantes probablemente patogénicas (c.423G>A y c.925G>T). Es por ello que es importante profundizar en el conocimiento genómico de las Dlip en cada población, ya que este estudio mostró la presencia de variantes nuevas y propias en población mexicana