Identificación y Comparación de Secuencias de Genes que Codifican Proteínas Relacionadas con Actividades PGPR, en Bacterias del Género Bacillus

Abstract

En este proyecto, se realizó una revisión bibliográfica para obtener información detallada sobre las rutas metabólicas y los genes involucrados en actividades promotoras del crecimiento vegetal de bacterias presentes en la rizosfera, conocidas como Plant Growth Promoting Rhizobacteria (PGPR, por sus siglas en inglés), que se han identificado en bacterias del género Bacillus aisladas de la rizosfera de la biznaga dulce (Echinocactus platyacanthus) en la región del Semidesierto Queretano e identificadas previamente en el laboratorio de Ecología Molecular de la UAM Xochimilco. Se hizo una investigación bibliográfica de artículos que hayan reportado y secuenciado genes con actividad PGPR en bacterias del género Bacillus, se buscaron las secuencias de los genes de interés en GenBank y se descargaron en formato FASTA. Se buscaron y descargaron genomas completos en formato FASTA de las especies de Bacillus identificadas previamente en el laboratorio de Ecología Molecular: * B. subtilis * B. amyloliquefaciens * B. thuringiensis * B. cereus * B. atrophaeus * B. velezensis * B. siamensis Procurando que sean pertenecientes a una cepa tipo (type strain) o una cepa RefSeq de NCBI. Se compararon las secuencias referencia de los genes contra los genomas completos usando la herramienta BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) para determinar que genomas completos de Bacillus tienen los genes de interés que puedan codificar metabolitos secundarios con actividad PGPR. Se concentró la información en una tabla presentando información relevante de los resultados de BLAST y se hizo una base de datos propia con los archivos FASTA de los genes de referencia, los genomas completos y los fragmentos de los genomas alineados con BLAST que mostraron similitud con los genes de interés.