Ecología microbiana de minas de cobre de seis diferentes regiones geográficas

Abstract

El objetivo del trabajo fue comparar la estructura de las comunidades microbianas en minas de cobre de diferentes regiones geográficas a partir de datos preexistentes, con la finalidad de encontrar patrones en su composición, y generar nuevo conocimiento sobre los grupos microbianos más eficientes para ser utilizados en estudios posteriores de biorremediación de suelos contaminados por metales pesados en México. Los metagenomas de seis minas de cobre se obtuvieron del Sequence Read Archive (SRA) del sitio web del Centro Nacional para la Información Biotecnológica (NCBI). A través del procesamiento bioinformático con Qiime2 se realizó la asignación taxonómica de los metagenomas y con los resultados obtenidos y haciendo uso del software R se determinó la abundancia relativa, la diversidad y se realizaron los análisis estadísticos multivariados, por último, se utilizó PICRUSt2 para predecir funciones metabólicas. Los resultados muestran que la mina de Reino Unido es donde se encuentra presente el mayor número de clases. Las Gammaproteobacterias, Actinobacterias y Alphaproteobacterias son las clases más abundantes en todas las minas y cuentan con géneros que poseen características metabólicas relacionadas con la oxidación o reducción de metales. Las predicciones funcionales sugieren la presencia de genes relacionados con la reducción de metales pesados como cobre y mercurio. Los resultados obtenidos pueden favorecer la comprensión de la composición y funciones de las comunidades bacterianas en minas de cobre, identificando aquellas que por su actividad metabólica pudieran ser cultivadas y aprovechadas en diversas partes del mundo y de manera particular en México.